Một nghiên cứu gần đây được công bố trênHệ vi sinh vậtNghiên cứu đã tiến hành phân tích siêu gen virus trên 846 động vật có vú nhỏ hoang dã—bao gồm dơi, động vật gặm nhấm và chuột chù—được thu thập ở Sierra Leone, Tây Phi. Nghiên cứu đã xác định tổng cộng 39 loại virus RNA liên quan đến động vật có vú, bao gồm 26 loại virus mới và 13 loại virus đã được biết đến trước đây. Trong số này, họ Paramyxoviridae thể hiện sự đa dạng cao nhất, trong khi động vật gặm nhấm chứa số lượng loài virus lớn nhất (n = 26).
Đánh giá rủi ro lây truyền từ động vật sang người đã phát hiện ba loại virus gây bệnh từ động vật sang người đã biết – virus gây viêm cơ tim não, virus Lassa và virus Rocahepevirus sp. – cũng như ba loại virus có nguy cơ lây lan từ động vật sang người: virus Melian, virus viêm gan chuột và virus Hunnivirus A. Đáng chú ý, trong số các virus mới được xác định, virus Bat ledantevirus 2 cho thấy mối quan hệ phát sinh chủng loại gần nhất với virus Le Dantec gây bệnh ở người. Phân tích huyết thanh học tiếp tục phát hiện kháng thể trung hòa chống lại virus này ở 2,8% cư dân địa phương, cho thấy khả năng phơi nhiễm ở người trước đó, có thể chưa được phát hiện.
Những phát hiện này làm nổi bật sự hiện diện của một ổ chứa virus đáng kể do loài gặm nhấm thống trị ở Tây Phi và nhấn mạnh tầm quan trọng thiết yếu của các chiến lược giám sát tích hợp tại giao điểm giữa người và động vật. Việc kết hợp sàng lọc siêu gen với xác nhận huyết thanh học cung cấp một khuôn khổ vững chắc để xác định các virus có tiềm năng lây truyền từ động vật sang người và lây lan từ động vật sang người.
Trong thập kỷ qua, hơn 60% các bệnh truyền nhiễm mới nổi ở người có nguồn gốc từ vật chủ động vật, trong đó dơi, chuột và chuột chù được xác định là vật chủ chính của các virus gây bệnh từ động vật sang người. Châu Phi được coi là điểm nóng về các bệnh truyền nhiễm từ động vật sang người. Ví dụ, Sierra Leone đã báo cáo hơn 28.000 trường hợp mắc bệnh trong đợt bùng phát dịch Ebola năm 2014–2016.
Mặc dù gánh nặng bệnh truyền nhiễm từ động vật sang người ở khu vực này rất đáng kể, sự đa dạng và phân bố của virus ở các loài động vật có vú nhỏ hoang dã vẫn chưa được nghiên cứu đầy đủ. Để giải quyết khoảng trống này, các nhà nghiên cứu đã tiến hành phân tích hệ vi sinh vật một cách có hệ thống trên 846 cá thể động vật có vú nhỏ hoang dã được bắt giữ tại ba địa điểm ở Sierra Leone từ năm 2018 đến năm 2023. Nghiên cứu nhằm mục đích mô tả sự đa dạng của virus, xác định các ứng cử viên có khả năng lây truyền giữa các loài, đánh giá rủi ro lây nhiễm từ động vật sang người và tạo ra bằng chứng để hỗ trợ các hệ thống cảnh báo sớm đối với các bệnh truyền nhiễm mới nổi.
Phương pháp cốt lõi
Nghiên cứu này đã áp dụng quy trình siêu gen virus toàn diện:
- Xử lý mẫu:Các mô tim, gan, lách, phổi và thận được thu thập, gộp lại, đồng nhất hóa và tiến hành chiết xuất tổng RNA.
- Trình tự và lắp ráp:Quá trình loại bỏ RNA ribosome được thực hiện trước khi xây dựng thư viện, tiếp theo là giải trình tự tốc độ cao bằng nền tảng Illumina NovaSeq 6000. Các đoạn trình tự virus được lắp ráp de novo.
- Nhận dạng virus:Các virus được xác định dựa trên sự đối chiếu gen RNA polymerase phụ thuộc RNA (RdRp). Chỉ những virus liên quan đến động vật có xương sống mới được giữ lại, loại trừ virus vi khuẩn, nấm và thực vật.
- Phân tích tin sinh học:Các hoạt động tái tạo cây phát sinh chủng loài, phân tích tái tổ hợp, mô hình hóa mạng lưới lây truyền giữa các loài và đánh giá rủi ro lây truyền từ động vật sang người đã được tiến hành.
- Xác nhận huyết thanh học:Một phương pháp xét nghiệm trung hòa giả virus dựa trên VSV đã được phát triển cho virus Bat ledantevirus 2. Kháng thể trung hòa được phát hiện trong 2,8% huyết thanh người, cung cấp bằng chứng về khả năng lây truyền từ động vật sang người.
HọcKết quả
1. Khám phá và sự đa dạng của virus
Nghiên cứu này đã tiến hành phân tích trình tự phiên mã trên 846 động vật hoang dã được thu thập ở Sierra Leone, bao gồm các loài gặm nhấm, dơi và chuột chù. Dựa trên trình tự gen RNA polymerase phụ thuộc RNA (RdRp) hoàn chỉnh, tổng cộng 39 virus RNA liên quan đến động vật có vú đã được xác định, bao gồm 13 virus đã được biết đến trước đây và 26 virus mới.
Về thành phần virus, họ Paramyxoviridae thể hiện mức độ đa dạng cao nhất trong cả ba bộ vật chủ, tiếp theo là Astroviridae và Picornaviridae. Về phân bố vật chủ, loài gặm nhấm đóng góp sự đa dạng virus lớn nhất, chứa tổng cộng 26 loài virus, cho thấy vai trò nổi bật của chúng như là vật chủ chứa đựng sự đa dạng virus trong khu vực.
2. Rủi ro lây truyền từ động vật sang người
Đánh giá rủi ro lây truyền từ động vật sang người đã xác định ba loại virus gây bệnh từ động vật sang người đã biết: virus gây viêm não cơ tim, virus Lassa và các loài Rocahepevirus. Ngoài ra, ba loại virus khác—virus Melian, virus viêm gan chuột và Hunnivirus A—được xác định là có nguy cơ lây lan từ động vật sang người.
Trong số 26 loại virus mới được phát hiện, bốn loại được dự đoán có tiềm năng lây truyền từ động vật sang người cao dựa trên đặc điểm phát sinh chủng loại và bộ gen. Đặc biệt, virus Bat ledantevirus 2 cho thấy mối quan hệ phát sinh chủng loại gần nhất với virus Le Dantec gây bệnh ở người đã biết.
Các xét nghiệm huyết thanh học tiếp theo đã củng cố thêm phát hiện này, khi kháng thể trung hòa chống lại Bat ledantevirus 2 được phát hiện trong 2,8% mẫu huyết thanh của cư dân địa phương. Kết quả này cho thấy các trường hợp nhiễm bệnh không được nhận biết hoặc không có triệu chứng có thể đã xảy ra trong cộng đồng người, làm nổi bật một con đường lây truyền từ động vật sang người tiềm tàng nhưng chưa được phát hiện trước đây.
3. Động lực lây truyền giữa các loài
Phân tích lây truyền giữa các loài cho thấy loài gặm nhấm chiếm vị trí trung tâm trong mạng lưới chia sẻ virus, đóng vai trò là các mắt xích quan trọng tạo điều kiện thuận lợi cho việc trao đổi virus giữa các loài vật chủ. Tổng cộng có 15 loại virus được xác định là có khả năng lây truyền giữa các loài.
Phân tích sâu hơn về mô hình lây truyền giữa các bậc phân loại cho thấy sự lây lan virus xảy ra thường xuyên hơn giữa các vật chủ trong cùng một bậc phân loại, cho thấy mối quan hệ giữa các vật chủ đóng vai trò quan trọng trong động lực lây truyền. Ngược lại, dơi thể hiện khả năng lây truyền giữa các bậc phân loại tương đối thấp hơn.
Điều quan trọng là, bằng chứng về sự mở rộng phạm vi vật chủ đã được quan sát thấy ở một số loại virus. Ví dụ, virus Melian, trước đây được cho là chỉ lây nhiễm ở chuột chù, cũng được phát hiện ở các loài gặm nhấm trong nghiên cứu này, cho thấy khả năng thích nghi của vật chủ có thể thay đổi và nguy cơ lây truyền rộng hơn sẽ tăng lên.
Kết luận và ý nghĩa đối với sức khỏe cộng đồng
- Đa dạng vi rút cao ở các loài động vật có vú nhỏ hoang dã:Việc phát hiện 39 loại virus RNA, bao gồm 26 loài mới, cho thấy một kho chứa virus lớn trong khu vực và lần đầu tiên báo cáo về các loại virus mới có tiềm năng lây truyền từ động vật sang người cao (ví dụ: Bat ledantevirus 2).
- Loài gặm nhấm là mục tiêu giám sát ưu tiên:Loài gặm nhấm đóng vai trò là trung tâm quan trọng trong việc truyền virus và mang nhiều loại virus nhất, do đó tiềm ẩn nguy cơ lây lan virus cao nhất.
- Cần có các chiến lược giám sát tích hợp:Các phát hiện này ủng hộ việc ưu tiên loài gặm nhấm trong các chương trình giám sát chủ động và triển khai các phương pháp tích hợp kết hợp giải trình tự gen, huyết thanh học và giám sát sinh thái tại các khu vực giao thoa giữa con người và động vật hoang dã.
Nhìn chung, nghiên cứu này cung cấp bằng chứng quan trọng để hỗ trợ các hệ thống cảnh báo sớm và khung đánh giá rủi ro đối với các bệnh truyền nhiễm từ động vật sang người mới nổi, củng cố tầm quan trọng của việc giám sát chủ động tại các khu vực có nguy cơ cao.
Thông tin sản phẩm
Thời gian đăng bài: 23/03/2026