Giải pháp chẩn đoán TB và DR -TB đột phá của #Macro & Micro -test!

Một vũ khí mới để chẩn đoán bệnh lao và phát hiện kháng thuốc: Một giải trình tự nhắm mục tiêu thế hệ mới (TNGs) kết hợp với học máy để chẩn đoán quá mẫn

Báo cáo tài liệu: CCA: Một mô hình chẩn đoán dựa trên TNG và học máy, phù hợp cho những người bị bệnh lao ít vi khuẩn và viêm màng não lao.

Tiêu đề luận án: Giải trình tự và học máy thế hệ tiếp theo nhắm mục tiêu bệnh lao: Chiến lược chẩn đoán cực kỳ nhạy cảm với ống phổi và viêm màng não ống.

Định kỳ: 《Clinica Chimica Acta》

Nếu ： 6.5

Ngày xuất bản: tháng 1 năm 2024

Kết hợp với Đại học Khoa học Khoa học Trung Quốc và Bệnh viện ngực Bắc Kinh của Đại học Y khoa, Macro & Micro-Test đã thiết lập mô hình chẩn đoán bệnh lao dựa trên thế hệ mới của công nghệ giải trình tự mục tiêu (TNGs), cung cấp phương pháp máy học cực kỳ cao Độ nhạy phát hiện đối với bệnh lao với ít vi khuẩn và viêm màng não lao, đã cung cấp một phương pháp chẩn đoán quá mẫn mới cho chẩn đoán lâm sàng của hai loại của bệnh lao, và giúp chẩn đoán chính xác, phát hiện kháng thuốc và điều trị bệnh lao. Đồng thời, người ta thấy rằng CFDNA huyết tương của bệnh nhân có thể được sử dụng như một loại mẫu phù hợp để lấy mẫu lâm sàng trong chẩn đoán TBM.

Trong nghiên cứu này, 227 mẫu huyết tương và các mẫu dịch não tủy đã được sử dụng để thiết lập hai đoàn hệ lâm sàng, trong đó các mẫu đoàn hệ chẩn đoán trong phòng thí nghiệm được sử dụng để thiết lập mô hình học máy của bệnh lao, và các mẫu chẩn đoán lâm sàng đã được sử dụng để xác minh Mô hình chẩn đoán. Tất cả các mẫu lần đầu tiên được nhắm mục tiêu bởi một nhóm thăm dò chụp mục tiêu được thiết kế đặc biệt cho bệnh lao Mycobacterium. Sau đó, dựa trên dữ liệu giải trình tự TB-TNGS, mô hình cây quyết định được sử dụng để thực hiện xác thực chéo 5 lần trên các bộ đào tạo và xác nhận của hàng đợi chẩn đoán trong phòng thí nghiệm, và ngưỡng chẩn đoán của các mẫu huyết tương và các mẫu dịch não tủy. Ngưỡng thu được được đưa vào hai bộ thử nghiệm của hàng đợi chẩn đoán lâm sàng để phát hiện và hiệu suất chẩn đoán của người học được đánh giá bằng đường cong ROC. Cuối cùng, mô hình chẩn đoán bệnh lao đã thu được.

Hình 1 Sơ đồ thiết kế nghiên cứu

Kết quả: Theo ngưỡng cụ thể của mẫu DNA CSF (AUC = 0,974) và mẫu CFDNA huyết tương (AUC = 0,908) được xác định trong nghiên cứu này, trong số 227 mẫu, độ nhạy của mẫu CSF là 97,01%, độ đặc hiệu là 95,65%và Độ nhạy và độ đặc hiệu của mẫu huyết tương là 82,61% và 86,36%. Trong phân tích 44 mẫu được ghép của CFDNA huyết tương và DNA dịch não tủy từ bệnh nhân TBM, chiến lược chẩn đoán của nghiên cứu này có độ thống nhất cao là 90,91% (40/44) trong CFDNA huyết tương và DNA dịch não (42/44). Ở trẻ em bị bệnh lao phổi, chiến lược chẩn đoán của nghiên cứu này nhạy cảm hơn với các mẫu huyết tương so với kết quả phát hiện XPert của các mẫu nước dạ dày từ cùng một bệnh nhân (28,57% so với 15,38%).

Hình 2 Phân tích Hiệu suất của Mô hình chẩn đoán bệnh lao cho các mẫu dân số

Hình 3 Kết quả chẩn đoán của các mẫu được ghép nối

Kết luận: Một phương pháp chẩn đoán quá mẫn cảm cho bệnh lao được thiết lập trong nghiên cứu này, có thể cung cấp một công cụ chẩn đoán với độ nhạy phát hiện cao nhất đối với bệnh nhân lâm sàng mắc bệnh lao oligobacillary (nuôi cấy âm tính). Phát hiện bệnh lao quá mẫn dựa trên CFDNA huyết tương có thể là một loại mẫu phù hợp để chẩn đoán bệnh lao hoạt động và viêm màng não lao (mẫu huyết tương dễ thu thập hơn dịch não tủy cho bệnh nhân nghi ngờ bệnh lao não).

Liên kết gốc: https://www.scienceDirect.com/science/article/pii/s0009898123004990? thông qua%3Dihub

Giới thiệu ngắn gọn về các sản phẩm phát hiện loạt bệnh lao macro & Micro-Test

Theo quan điểm về tình huống mẫu phức tạp của bệnh nhân lao và các nhu cầu khác nhau, xét nghiệm macro & micro cung cấp một bộ giải pháp NGS hoàn chỉnh để chiết xuất hóa lỏng từ các mẫu đờm, xây dựng và giải trình tự thư viện Qualcomm, và phân tích dữ liệu. Các sản phẩm bao gồm chẩn đoán nhanh chóng bệnh nhân tuberculosis, phát hiện kháng bệnh lao, gõ Mycobacterium tuberculosis và NTM, chẩn đoán quá mẫn cảm với bệnh lao âm tính và bệnh lao âm tính vi khuẩn và bệnh lao, v.v.

Bộ dụng cụ phát hiện nối tiếp cho bệnh lao và mycobacteria:

Mục không	Tên sản phẩm	Nội dung thử nghiệm sản phẩm	loại mẫu	Mô hình áp dụng
HWTS-3012	Tác nhân phát hành mẫu	Được sử dụng trong xử lý hóa lỏng của các mẫu đờm, đã thu được số lượng kỷ lục hạng nhất, Thiết bị máy móc Sutong 20230047.	đờm
HWTS-NGS-P00021	Bộ phát hiện số lượng Qualcomm cho bệnh lao quá mẫn (Phương pháp bắt đầu thăm dò)	Phát hiện quá mức không xâm lấn (sinh thiết lỏng) đối với bệnh lao phổi âm tính vi khuẩn và các nốt não; Các mẫu của những người bị nghi ngờ bị nhiễm bệnh lao hoặc không bệnh lao mycobacteria được phân tích bằng metagenomics trình tự độ sâu, và thông tin phát hiện liệu bệnh lao hay không bệnh lao bị nhiễm trùng đã được cung cấp.	Máu ngoại vi, chất lỏng rửa phế nang, hydrothorax và cổ trướng, mẫu đâm thủng, dịch não tủy.	Thế hệ thứ hai
HWTS-NGS-T001	Mycobacterium gõ và bộ phát hiện kháng thuốc (Phương pháp giải trình tự khuếch đại đa kênh)	Thử nghiệm đánh máy Mycobacterium, bao gồm MTBC và 187 NTM；Phát hiện kháng thuốc của Mycobacterium tuberculosis bao gồm 13 loại thuốc và 16 vị trí đột biến lõi của gen kháng thuốc.	Sputum, chất lỏng rửa phế nang, hydrothorax và cổ trướng, mẫu đâm vào tiêu điểm, dịch não tủy.	Nền tảng kép thế hệ thứ hai/thứ ba

Điểm nổi bật: HWTS-NGS-T001 Mycobacterium gõ và bộ phát hiện kháng thuốc (Phương pháp khuếch đại đa kênh)

Giới thiệu sản phẩm

Sản phẩm này dựa trên các loại thuốc chính và thứ hai chính được mô tả trong hướng dẫn điều trị bệnh lao, macrolides và aminoglycoside thường được sử dụng trong các hướng dẫn điều trị NTM và các vị trí kháng thuốc bao gồm tất cả một nhóm các địa điểm liên quan đến kháng thuốc trong Ai Mycobacterium tuberculosis Danh mục đột biến phức tạp, cũng như các gen kháng thuốc và các vị trí đột biến khác được báo cáo Văn học ghi điểm cao trong và ngoài nước.

Nhận dạng đánh máy dựa trên các chủng NTM được tóm tắt trong các hướng dẫn NTM được xuất bản bởi Tạp chí bệnh lao Trung Quốc và bệnh hô hấp và sự đồng thuận của các chuyên gia. Các mồi gõ được thiết kế có thể khuếch đại, trình tự và chú thích hơn 190 loài NTM.

Thông qua công nghệ khuếch đại PCR đa kênh được nhắm mục tiêu, các gen kiểu gen và gen kháng thuốc mycobacterium được khuếch đại bằng PCR đa kênh và sự kết hợp khuếch đại của các gen mục tiêu được phát hiện. Các sản phẩm được khuếch đại có thể được xây dựng thành các thư viện giải trình tự thông lượng cao thế hệ thứ hai hoặc thế hệ thứ ba, và tất cả các nền tảng giải trình tự thế hệ thứ hai và thế hệ thứ ba có thể được giải trình tự độ sâu cao để có được thông tin trình tự của các gen mục tiêu. Bằng cách so sánh với các đột biến đã biết có trong cơ sở dữ liệu tham chiếu tích hợp (bao gồm Danh mục đột biến phức tạp của WHO Mycobacterium tuberculosis và mối quan hệ của nó với kháng thuốc), các đột biến liên quan đến kháng thuốc hoặc tính nhạy cảm của thuốc chống lao đã được xác định. Kết hợp với giải pháp xử lý mẫu đờm tự mở của xét nghiệm macro & micro, vấn đề về hiệu quả khuếch đại axit nucleic thấp của các mẫu đờm lâm sàng (cao hơn mười lần so với các phương pháp truyền thống) đã được giải quyết áp dụng trực tiếp cho các mẫu đờm lâm sàng.

Phạm vi phát hiện sản phẩm

34Các gen liên quan đến kháng thuốc của18Thuốc chống lao và6Thuốc NTM đã được phát hiện, bao gồm297vị trí kháng thuốc; Mười loại bệnh lao mycobacterium và nhiều hơn190Các loại NTM đã được phát hiện.

Bảng 1: Thông tin về 18+6 thuốc+190+NTM

Lợi thế sản phẩm

Khả năng thích ứng lâm sàng mạnh mẽ: Các mẫu đờm có thể được phát hiện trực tiếp với tác nhân tự học mà không cần nuôi cấy.

Hoạt động thử nghiệm rất đơn giản: Vòng hoạt động khuếch đại đầu tiên rất đơn giản và việc xây dựng thư viện được hoàn thành trong 3 giờ, giúp cải thiện hiệu quả làm việc.

Gõ toàn diện và kháng thuốc: Bao gồm các vị trí đánh máy và kháng thuốc của MTB và NTM, là những điểm chính của mối quan tâm lâm sàng, đánh máy chính xác và phát hiện kháng thuốc, hỗ trợ phần mềm phân tích độc lập và tạo báo cáo phân tích với một lần nhấp.

Khả năng tương thích: Khả năng tương thích sản phẩm, thích ứng với các nền tảng ILM và MGI/ONT chính thống.

Đặc điểm kỹ thuật sản phẩm

Mã sản phẩm	Tên sản phẩm	Nền tảng phát hiện	thông số kỹ thuật
HWTS-NGS-T001	Mycobacterium gõ và bộ phát hiện kháng thuốc (Phương pháp khuếch đại đa kênh)	ONT 、 Illumina 、 mgi 、 salus pro	16/96rxn